J'ai lu quelque part qu'il s'agissait de la peste, qui avait ravagé un village situé près du Danube en Bavière, touchant en particulier les enfanst et les personnes âgées (malheureusement, impossible de retomber sur le site où j'avais lu ça >_< )
Mais de manière simplifiée, je pense que c'est l'histoire d'une épidémie affectant les personnes fragiles (les enfants font un symbole pratique: fragilité et innocence) et que le nombre trop grand de morts, empêchant d'offrir une sépulture à chacun, force les parents à les jeter dans le fleuve, qui n'est pas anodin: c'est le deuxième plus grand d'Europe. Les rats ne seraient plus là que pour figurer la puanteur, ils se délectent de la pourriture des corps disparus car enfouis au fond des eaux, ou emportés par le courant.
L'autre aspect important dans ma théorie, c'est l'idée de dissimulation:
"Nichts gutes liegt verborgen nass
In deinen feuchten Wiesen"
Comme si les parents savaient qu'ils ont fait quelque chose de mal:
"Mütter standen bald am Strom
Und weinten eine Flut
[...]
Und die Menschen zogen fort"
Après avoir pleuré la mort des enfants, ils s'en vont, fuyant la honte.
D'ailleurs, remarquez l'association en oxymore:
"Donau quellt ein Aderlass
Wo Trost und Leid zerfließen"
Trost (réconfort ou consolation) et Leid (peine, souffrance) ne vont pas ensemble.
Bon, peu convaincant, je sais, mais comme j'ai tendance à chercher d'abord ce qui pourrait motiver Till "de lui-même" (je cherche moins le fait divers qu'il voudrait raconter que son inspiration dans l'écriture d'une histoire), j'ai tout de suite pensé à l'Ecole du Danube.
[Petit rappel: Le meilleur représentant de ce mouvement (surtout pictural), c'est Albrecht Altdorfer: il a notamment peint la Nativité, très connue pour son côté sombre, un peu inquiétant, du jamais vu pour l'époque (XVIème siècle).]
Mais bon, la raison du rapprochement, c'est qu'Albrecht Altdorfer et les peintres de ce mouvement se sont énormément penchés sur la représentation du paysage, de manière extrêmement minutieuse (en particulier la végétation, mais aussi, évidemment, le Danube). D'où l'accent mis sur la représentation du fleuve, qui prend presque la moitié de la chanson.
Autre chose, l'Ecole du Danube a beaucoup inspiré le baroque plus tard et comme je trouve que la pochette de l'album fait très inspirée baroque, ça colle un peu.